Auch der 2. Weltkrieg ging nicht spurlos an diesem Instrument vorüber. Das Kirchendach und einige Fenster waren stark beschädigt, es regnete teilweise in die Kirche. Feuchte Luft, die in die Kirche drang, beschädigte das Instrument. So kam es, dass die Orgel nur noch sehr unzuverlässig spielte, manche Register waren unbrauchbar. Außerdem gab es beträchtliche Holzwurmschäden.
1954 konnte die Orgel dann repariert und gereinigt werden. Es wurde nun auch ein elektrisches Gebläse eingebaut. Dies war aus Mangel an Kalkanten nötig geworden. Außerdem war das Honorar für die Kalkanten so hoch, dass sich schon deswegen der Einbau lohnte, zusätzlich gab es dem Organisten damit eine vorher nie dagewesene Unabhängigkeit. Die Kalkantenvorrichtung ist aber bis heute erhalten. Sie ist im Turm sichtbar und funktionstüchtig, die Orgel könnte also auch bei Stromausfall spielen, wenn man jemanden findet, der Luft in den Balg pumpt. Der neu eingebaute Motor war kein Spezialmotor für Orgeln. Diese waren leider in der DDR nicht erhältlich. Daher verursachte er ein recht lautes Geräusch, welches aber beim Spielen der Orgel weniger zu hören war. Die Kosten der gesamten Arbeiten beliefen sich damals auf 1.735 DM.
Ab 1959 plante dann der Kirchenvorstand eine Generalüberholung der Orgel, welche aber aus finanziellen Gründen nicht durchgeführt werden konnte. Es musste erst einmal die Kirche renoviert werden.
1975 wurde das Projekt erneut angegangen, die Orgel war mittlerweile wieder sehr stark vom Holzwurm befallen, die Klaviaturen ausgespielt und verursachten somit beim Spielen starke Klappergeräusche, besonders im Pedal. Zusätzlich plante der Kirchenvorstand eine klangliche Umgestaltung, angepasst auf die Bedürfnisse und Vorstellungen der damaligen Zeit (Austausch von Registern, Nachintonierung verbleibender Register). 1977 folgte dazu ein Kostenvoranschlag von der Firma Eule. Erst 1984 sollten dann die Arbeiten endlich beginnen (es gab damals sehr lange Wartezeiten). Der Orgelbaubetrieb machte nun aber Bedenken gegen die vor Jahren geplante Umgestaltung geltend - sollte nicht lieber das originale Werk, die klangliche Eigenart des Instrumentes aus dem Jahr 1878, erhalten werden? Seit der Planung dieses Vorhabens waren sieben Jahre vergangen, in denen sich die Ansichten geändert haben und Erfahrungen mit bereits umgebauten Orgeln gemacht wurden. Die Einschätzung gerade dieses Orgeltyps hatte sich erheblich gewandelt.

„Die Frage, welcher Orgeltyp der zu bevorzugende im Allgemeinen sei, ist inzwischen der Auffassung, dass jeder Orgeltyp Achtung und Respektierung seiner technischen und vor allem klanglichen Eigenart verdient, gewichen. Sind in den letzten 15 bis 17 Jahren die der Gröditzer Orgel verwandten alten Eule-Orgeln in Strahwalde, Gaußig, Hochkirch und Königswartha aus künsterischer Erwägung dieser Zeit aus Überzeugung erheblich umdisponiert worden, so weicht jetzt diese Überzeugung der Einsicht, dass auch die Orgeln dieser Zeit in ihrer ursprünglichen klanglichen Eigenart für uns und spätere Generationen erhalten werden müssten, und daß auf ihnen eben dann nur die ihnen gemäße Literatur gespielt werden sollte. Dies setzt eine gewisse Spezialisierung des zuständigen Organisten voraus, und in den meisten kleinen Orten, so auch in Gröditz, habe wir keine Organisten, von denen man eine solche Spezialisierung verlangen kann. Dabei spielen auch Erwägungen, die mit dem Standort der Orgel zusammenhängen, ob in einem Urlaubergebiet oder in einem von der modernen Touristik kaum beachteten stillen Winkel oder in einer Stadt mit mehreren Kirchen befindlich, eine große Rolle. Im ersten Falle wünscht man sich eine „all-rount“-Orgel, in dem zweiten eine, die für einen Hilfskirchenmusiker ein für ihn gut brauchbares Instrument darstellt, im dritten schließlich sieht man die Existenz einer solchen Orgel im Zusammenhang mit den anderen Orgeln im Ort und erkennt auf eine Ergänzungsfunktion ihrerseits und sichert ihr somit die Beibehaltung ihrer ursprünglichen klanglichen Eigenart zu. So entsteht eine gewisse Spannung zwischen Denkmalpflege und kirchenmusikalischer Praxis, besonders in ihrer schlichteren Form.“ (Gerhard Nöbel 29.11.1983)

1986 konnten dann die Arbeiten abgeschlossen werden. Es fand nur eine Anpassung statt, die die klangliche Eigenart der Orgel nur geringfügig antastet, die spätromantische Klangfarbe wurde weitgehend erhalten. Außerdem wurde eine neue Windmaschine eingebaut, die die Kirchgemeinde aus der BRD erhalten hat. Von da an waren auch die lauten Geräusche Geschichte.
Am 1. Advent 1986 wurde mit einem Konzert des Bach-Preisträger Thomas Sauer aus Berlin die Orgel wieder geweiht.
Heute ist die Orgel in Gottesdiensten und Konzerten zu hören. In regelmäßigen Abständen schauen Orgelbauer nach der Orgel, führen notwenige Reparaturen durch und stimmen die Pfeifen nach. So wird uns dieses schöne Instrument hoffentlich noch lange in gutem Zustand erhalten bleiben.